徐州生物工程职业技术学院始创于1956年，2002年经省政府批准更名为“江苏省徐州生物工程学校”，2003年成为“徐州生物工程高等职业学校”，同时成为“江苏联合职业技术学院徐州生物工程分院”，2012年2月升格为“徐州生物工程职业技术学院”。学校隶属徐州市人民政府管理，江苏省唯一的生物工程类职业学院。

学校占地615亩，建筑面积23.2万平方米，教科研仪器设备值5000万元，纸质图书34.3万册。建有108个校内实验实训基地（实训室），1个徐州市重点实验室（现代农业生物技术实验室）和12个徐州市工程技术研究中心（现代生物技术、水产、生物制药与废弃物综合利用、风景园林、绿色植保、生物制药、动物疫病、畜牧、绿色洁净复合钎料、药物检测、农业物联网、微电子扬声器）。

学校设有卫生健康学院、药品食品学院、农林工程学院、生物装备学院、动物工程学院、信息管理学院6个二级学院，基础部、思政部、体育部3个教学部和1个继续教育学院。现有教职工401人，其中专任教师245人，高级职称125人，硕博士178人，“双师型”教师170人。有全国农业职教名师6人，江苏省“333工程”第三层次人选8人，江苏省高校“青蓝工程”优秀学术带头人3人、优秀中青年骨干教师培养对象15人，徐州市“双百工程”优秀专家3人，拔尖人才7人。

学校设有契合区域产业发展的三年制高职专业38个，五年制高职专业15个。形成了以农牧类专业为强大优势，生物技术医学护理类专业为显著特色，财信机电类专业为有力支撑的专业结构。有2个中央财政支持专业（畜牧兽医、园林技术）、1个江苏省重点专业群（生物技术及应用专业群）、1个江苏省高水平骨干专业（畜牧兽医）、3个牵头服务徐州“四大千亿元产业”重点专业（园艺、园林、生物制药）、2个徐州市特需专业建设项目（药品生物技术、食品生物技术），在校生5000余人。    

学校坚持“立足徐州，面向淮海，建设职教名校”的发展战略，坚持面向社会、紧贴市场的办学方向，不断推进教学改革，培养高素质技能人才，形成校企合作、工学结合的人才培养模式。学校与扬子江药业、恩华药业、康缘药业、恒瑞药业、豪森药业、中粮集团、正大集团、温氏集团、中兴集团、徐工集团、上汽大众、中国移动、九州园林等160多家国内外知名企业建立了紧密型深层次合作关系，开展嵌入式教学订单培养。建校以来，共培养大中专毕业生5万多名，他们战斗在各条战线上，为社会主义建设作出了应有的贡献。

近年来，学校先后获得“全国服务农村青年增收成才先进集体”“全国绿化模范单位”“江苏省职业教育先进单位”“江苏省文明单位”“江苏省教育回报社会先进单位”“江苏省挂县强农富民工程先进单位”“江苏省平安校园”“江苏省园林式单位”等荣誉称号。学校现为中国现代畜牧业职教集团副理事长单位、全国农业职教专业委员会常务理事单位、江苏省生物技术协会常务理事单位、江苏省化工职教集团副理事长单位、江苏省职业教育教科研中心组组长单位、徐州现代农林职教集团理事长单位。